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Hierbei wird in fliessende und stehende Gewässer unterschieden. Auch wenn Graubünden nur einen kleinen Anteil über Gewässer verfügt, ist es dennoch ein wichtiger Lebensraum für viele Vogelarten. Die Fliessgewässer stellen eine bedeutende Grundnahrungsquelle für viele Vogelarten dar. In Fliessgewässern verbringen Larven von Insekten den Grossteil ihres Lebens. Doch für eine kurze Zeitspanne, verlassen sie das Wasser und versuchen so, sich fortzupflanzen. Von diesen Insekten sind zum Beispiel die Wasseramsel und die Bergstelze abhängig. Die Wasseramsel taucht nach den Larven am Boden der Gewässer, während die Bergstelze die an Land herumfliegenden Insekten fängt und verzehrt. Man teilt die Gewässer in Graubünden auch nach den vorkommenden Fischarten ein.

Es gibt sehr viele, qualitativ unterschiedliche Arten von stehenden Gewässern. Stauseen und hochalpine natürliche Seen bilden keinen attraktiven Lebensraum aufgrund fehlenden Nährstoffgehaltes. Hingegen Seen, die tiefer gelegen sind und vor allem wenn sie einen bestimmten Nähstoffgehalt vorweisen, ermöglichen eine vielfältige Unterwasserfauna und bieten so eine gute Grundlage für zahlreiche Vögel. Auch als Brutgebiete dienen stehende Gewässer für einige Arten.

Gefährdungen in diesem Lebensraum

Durch Verbauung und ähnliches, schwindet die Fischpopulation und Artenvielfalt zunehmend. Darunter leiden Vögel wie der Graureiher, Eisvogel und Gänsesäger. Weitere Kanalisierung und Gewässerverbauungen beeinträchtigen den Lebensraum von Insekten stark. Die Insekten bilden die Basis des Ökosystems, also sind nicht nur sie, sondern auch andere Spezies betroffen.

Wassersport und touristische Nutzung, sowie Verschmutzung und Überdüngung stellen eine Bedrohung für diese Art von Lebensräumen dar.